虽然说亡羊补牢可以将木马后门造成的损失降至最低，但最好的方法显然是防患于未然。
1.后门防范基本功
首先要关闭本机不用的端口或只允许指定的端口访问；其次要使用专杀木马的软件，为了有效地防范木马后门；第三是要学会对进程操作，时时注意系统运行状况，看看是否有一些不明进程正运行并及时地将不明进程终止掉。
2.安全配置Web服务器
如果公司或企业建立了主页，该如何保证自己的Web服务器的安全性呢？
首先要关闭不必要的服务；其次是建立安全账号策略和安全日志；第三是设置安全的IIS，删除不必要的IIS组件和进行IIS安全配置。
在IIS安全配置时候，要注意修改默认的“Inetpub”目录路径。可以删除C盘的“Inetpub”目录，然后在D盘重建一个“Inetpub”，而后在IIS管理器中将主目录指向新建立的“Inetpub”路径。此外，还需要删除默认的“scripts”、“print”等虚拟目录，然后在IIS管理器中删除不必要的映射，一般情况下保留ASP、ASA就可以了。
具体方法是在“IIS信息服务”管理器中右击主机名，选择“属性”→“主目录”标签，点击“高级”按钮，在“映射”标签中就可以删除不必要的映射了。另外，在属性窗口中选择“网站”标签，然后勾选“启用日志”，并选择“使用W3C扩充日志文件格式”项，每天记录客户IP地址、用户名、服务器端口、方法、URI字根、HTTP状态、用户代理等，而且每天都应审查日志。
在上面的基础工作之后，还需要设置Web站点目录的访问权限。
一般情况下，不要给予目录以写入和允许目录浏览权限，只给予。ASP文件目录以脚本的权限，而不要给予执行权限。在“IIS信息服务”管理器中展开网站的虚拟目录，然后右键点击某个虚拟目录，选择“属性”→“虚拟目录”标签，在“本地路径”下可设置对该目录权限为“读取”或“目录浏览”等。另外也可以通过NTFS分区格式，严格地设置用户目录权限。
而针对企业中最为核心的数据，更要加强对于Access数据库下载的防护。
当使用Access作为后台数据库时，如果有人通过各种方法知道或者猜到了服务器的Access数据库的路径和数据库名称，就可以下载这个Access数据库文件，这是非常危险的。因此，一般情况下要更改默认的数据库文件名，为你的数据库文件名称起个复杂的非常规的名字，并把它放在比较深的文件目录下。另外，还可以为Access数据库文件加上打开密码。
打开IIS网站属性设置对话窗口，选择“主目录”选项卡，点击“配置”按钮，打开“应用程序配置”对话窗口。而后，点击“添加”按钮，在“可执行文件”中输入“asp.dll”，在“扩展名”中输入“。mdb”，勾选“限制为”项，并输入“禁止”，确定应用后完成设置即可。以后，当入侵者企图下载数据时，将会提示禁止访问。